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2008년 중소기업 관련 세제개편안
2008-11-17

9월, 기획재정부에서는 일자리 창출과 신(新)성장 동력 확충을 위한 저세율·정상과세 체계를 확립을 목표로‘2008년 세제개편’을 시행하기로 했다.
이번 세제개편은 우리 경제의 핵심 과제인‘일자리 창출’과‘성장잠재력 확충’을 위한 전반적인 세부담 완화와 함께 조세 체계의 합리적인 정비 추진이 주목표가 된다. 또한‘저부담 → 고투자 → 고성장’의 선순환 구조로의 정착에 기여함과 동시에 지난 10년간 고착화된 저성장 구조에서 벗어나‘7% 성장 능력을 갖춘 경제’로 탈바꿈할 수 있는 모멘텀(Momentum)으로 활용될 예정이다. 특히 그동안의 저투자로 인해 성장 역량이 크게 약화된 점에 감안하여 감세 등 기업투자 환경 개선을 위한 대책을 적극 추진하기로 했으며, 신성장 동력확충을 위해 2012년까지 R&D투자가 GDP 대비 5% 수준에 도달하도록 세제 지원을 대폭 확대한다.
그중 중소기업에 관련한 세제개편안을 다음과 같이 정리해보았다.


중소기업 지원 확대
1. 창업 중소기업 세액감면 대상업종 확대
(1) 감면대상
수도권 과밀억제 권역 외 지역에서 창업한 중소기업 및 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 중소기업, 중소기업창업지원법에 의해 설립된 창업보육센터사업자

(2) 감면업종(23개 업종)
제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송사업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영관련업, 물류산업, 영화산업, 공연산업, 관광숙박업, 관광객이용시설업, 국제회의업, 유원시설업, 광고업, 노인복지시설운영사업, 무역전시사업, 기술계학원 → 음식점업, 건설업, 영화관운영업, 전시 및 행사 대행업 추가
(3) 감면내용
① 소득세·법인세
창업(벤처 확인) 후 최초 소득 발생 과세연도(사업 개시일부터 5년 이내 소득이 발생하지 않는 경우에는 5년이 되는 과세연도)와 그 후 3년간 50% 세액감면
② 취득세·등록세
창업(벤처 확인) 후 2년 이내 취득하는 사업용 재산, 창업 중소기업의 법인설립등기, 벤처 확인 후 6월 이내 행하는 예비 벤처중소기업의 법인설립 등기에 대해 면제
③ 재산세
창업(벤처 확인) 후 5년간 50% 감면
④ 소득세·법인세·취득세·등록세 감면분 농어촌특별세 비과세

2. 자영업자·중소기업 등의 분납기한 연장
(1) 분납제도란?
납부세액이 1천만 원을 초과하는 경우 일시 납부에 따른 자금 부담을 완화해 주기 위해 2회에 나누어 납부하는 제도
(2) 분납기한 연장 적용시기
2009년 1월 1일부터 적용

3. 공장용지 대체 취득에 대한 양도세 분할 과세제도 도입
(1) 공장용지 대체 취득에 대해 양도세 분할 과세를 허용한 이유
중소기업이 시설 확장 등의 필요에 따라 불가피하게 공장을 확장 이전하는 경우 구공장 매각 대금이 신공장 대체 취득에 전액 투입되어야 하는 것에 감안하여 거액의 세금을 한꺼번에 납부해야 하는 데에 따른 자금압박 부담을 경감하기 위해 시행
(2) 양도소득세 분할과세란?
자산을 양도함에 따라 양도소득이 발생한 경우에도 양도한 때에 양도세를 바로 과세하지 않고 일정기간(2년) 유예 후 일정기간(2년)에 나누어 과세한다. 2년 거치 2년 분할과세 적용 시 정기예금 이자율(2008년 8월 7% 수준)을 감안하면 약 18% 세부담 경감 효과가 있다.
현행공장이전에따른양도세분할과세는다음과같다.


기업 과세제도의 글로벌스탠더드화
1. 연결 납세제도 도입
(1) 연결 납세제도
모회사와 자회사가 경제적으로 결합되어 있는 경우 경제적 실질에 따라 모·자회사를 하나의 과세단위로 보아 소득을 통산하여 법인세를 과세하는 제도로, 분사에 따른 조세의 중립성을 유지하여 기업의 조직개편을 지원하기 위한 세제다.
현행 법인세제는 법률적으로 독립된 법인만을 과세단위로 하는 개별 납세제도다.
(2) 연결 납세제도를 도입하는 이유
기업의 조직(사업부 또는 자회사) 선택에 있어서 조세의 중립성을 보장하여 기업이 경영 환경에 탄력적으로 대응할 수 있도록 하고, 경제적 실질에 맞게 과세함으로써 세부담의 수평적 형평성을 제고한다.
(3) 연결 납세제도 적용 대상
모회사와 완전 지배 관계(지분율 100%)에 있는 자회사에 한해 연결 납세제도를 적용하는데, 지분율 100%인 경우에만 사업부제와 자회사 간에 경제적 실질이 동일하다고 할 수 있고 경영조직(사업부와 자회사) 선택에 있어서의 조세 중립성 확보라는 연결 납세제도 도입 목적에 부합하다. 다만, 기존 제도와의 조화를 위해 우리사주조합을 통해 종업원이 취득한 주식 또는 주식매수 선택권 행사에 따라 취득한 주식에 대해서는 발행주식총수 5% 범위 내에서 예외를 허용한다.

2. 기업의 이월결손금 공제기간 연장
2009년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 신규 발생하는 결손금부터 10년의 공제기간이 적용된다. 따라서 2009년 사업연도의 개시일 전에 발생하여 보유하고 있는 결손금은 이번 개정내용이 적용되지 않으므로 5년이 경과하는 경우 공제대상에서 제외 하도록 한다.
또한 모든 기업에 대해 장부·지출 증빙 보관 및 부과제척기간이 10년으로 연장되는 것이 아니라, 결손금 발생 사업연도 중 해당 결손금을 이월공제 받고자 하는 경우에만 이월공제기간(최대 10년까지)까지 연장된다.

3. 부가가치세 사업자 단위 과세제도 전면 확대
(1) 현행 부가가치세 과세제도
현행 부가가치세 과세제도는‘사업장’단위 과세제도를 원칙으로 하고 있지만, 2008년에 ‘사업자’단위 과제제도가 시행됐다. ‘사업자’단위 과세제도는 전사적(全社的) 기업자원관리(Enterprise Resource Planning, ERP) 시스템을 갖추고 관할세무서장의 승인을얻은경우에한하여예외적으로적용한다.

(2)‘ 사업장’단위 과세제도와‘사업자’단위 과세제도의 차이점
‘사업장’단위 과세제도의 경우 사업자가 2개 이상의 사업장을 가지는 경우 각 사업장마다 사업자 등록을 하며 세금계산서 교부, 부가가치세 신고 · 납부 등 모든 납세협력 의무를 사업장 단위로 이행해야 한다.
반면에‘사업자’단위 과세제도의 경우에는 사업자가 2개 이상의 사업장을 가지더라도 사업자 단위로 사업자등록을 하게 되며 세금계산서 교부, 부가가치세 신고·납부 등을 본점 또는 주된 사업장에서 사업자 단위로 하는 제도다.
(3) 사업자 단위 과세제도 확대로 인한 기대효과
다수의 사업장을 가진 경우에도 한 곳(본점 또는 주사업장)에서 사업자등록, 신고, 납부, 세금계산서 발행이 가능하여 납세자 부담이 완화되고 납세편의가 제고된다. 현재 사업자 단위 과세를 적용받기 위해서는 전사적 기업자원관리 시스템이 구축되어 있어야 하지만, 이를위해서는과다한비용이소요된다.

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